Το Αυτοτελές Τμήμα Εσωτερικού Ελέγχου είναι η ανεξάρτητη ελεγκτική-συμβουλευτική υπηρεσία, η οποία διαβεβαιώνει για την επάρκεια των συστημάτων διαχείρισης και ελέγχου του φορέα.

Οι Επιχειρησιακοί στόχοι του Τμήματος περιλαμβάνουν:

• τον έλεγχο των συστημάτων διακυβέρνησης και λειτουργίας και την παροχή διαβεβαίωσης περί της επάρκειας αυτών, με σκοπό την υποστήριξη του φορέα για την επίτευξη των στρατηγικών του στόχων και για τη λήψη μέτρων, όπου απαιτείται,

• την παροχή συμβουλευτικών υπηρεσιών, είτε ως αρωγή προς τον επικεφαλής του φορέα είτε στο πλαίσιο του ετήσιου προγράμματος εργασιών, με στόχο τη βελτίωση της αποτελεσματικότητας του φορέα,

• τη διασφάλιση της ορθής, αποτελεσματικής και ασφαλούς διαχείρισης και χρήσης των πληροφοριακών συστημάτων

• την αξιολόγηση της λειτουργίας, των δραστηριοτήτων και των προγραμμάτων του φορέα βάσει των αρχών της χρηστής δημοσιονομικής διαχείρισης.